NPDP自下而上的组合管理方法虽然强调从单个项目出发，通过严格评估筛选形成项目组合，但在实际应用中存在一些缺点，主要体现在战略一致性、资源分配、管理复杂度、沟通协调以及创新与长期发展等方面，以下是详细介绍：

一、战略一致性挑战

短期导向：自下而上的方法可能过于关注单个项目的短期潜力和收益，而忽视了项目与组织长期战略目标的契合度。这可能导致项目组合中的项目虽然各自表现优秀，但整体上无法支持组织实现其长期愿景。

战略偏离风险：由于缺乏自上而下的战略指导，项目组合可能逐渐偏离组织的战略方向，导致资源分散在非核心业务上，削弱组织的竞争力。

二、资源分配不均

资源过度集中：在自下而上的评估过程中，某些具有明显优势或潜力的项目可能吸引过多资源，而其他同样重要但潜力不那么明显的项目则可能得不到足够的支持。这种资源分配不均可能导致项目组合的整体效益下降。

资源浪费：如果项目评估标准不够全面或准确，可能会导致一些实际上并不具备高潜力的项目被选中，从而浪费宝贵的资源。

三、管理复杂度增加

项目数量多：自下而上的方法可能产生大量符合评估标准的项目，导致项目组合中的项目数量过多。这增加了项目管理的复杂度，使得组织难以有效跟踪和监控每个项目的进展。

协调难度大：在项目数量众多的情况下，协调不同项目之间的资源分配、进度安排和风险管理变得尤为困难。这可能导致项目之间的冲突和延误，影响项目组合的整体绩效。

四、沟通与协调障碍

部门壁垒：自下而上的方法可能加剧部门之间的壁垒，因为每个部门都可能倾向于推动自己项目的进展，而忽视与其他部门的协作和沟通。这可能导致项目之间的信息孤岛和重复工作，降低组织效率。

沟通成本高：为了确保项目组合与组织战略的一致性，需要加强跨部门和跨项目的沟通与协调。然而，这往往需要投入大量的时间和精力，增加了组织的沟通成本。

五、创新与长期发展受限

创新项目忽视：在自下而上的评估过程中，一些具有创新性和高风险性的项目可能因为短期内无法看到明显收益而被忽视。然而，这些项目可能对组织的长期发展具有重要意义。

长期发展不足：由于过于关注短期潜力和收益，自下而上的方法可能导致组织在长期发展方面投入不足。这可能使组织在面对市场变化和竞争挑战时缺乏足够的灵活性和适应能力。